萌学园，传说成立的时候是在地球降生的年代，是一所由夸克族人构成的魔法黉舍，潜躲在地球大气层外平行空间里，并由现任萌骑士幻之星（李昂霖 饰）、炎之星（刘书宏 饰）、智之星（林奕勋 饰）、十之星（阿本 饰）、月之星（彩虹 饰），代代相传，守护地球的和平。在一次急救魔法生物的任务中，不测引来宇宙中的玄色实力莫尔斯（傅冠杰 饰），威…

故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。