Mulder在医院被Fowley监管着。他设法主意子请来了Skinner和Kritschgau来副手，他们体会到Mulder拥有了CIA一向在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻觅治愈Mulder的法子。Mulder的病情加重了。

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉毛病后和史考莉通同好来骗当局高层，以潜进一个“作为一个通俗FBI出格捕快不应进进的地方”汇集必要的材料。本季发展越来越出色，一些没有被完全刷新的混血外星人结合起来反抗殖平易近阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但2017却出现了她的孩子——艾蜜莉。2017建造小组甚至找了两位着名科幻小说…

美国FBI捕快福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时已履历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事务的研究，并专门负责FBI总部的X档案部分。因穆德性事乖张，难以驾御。FBI高层从联邦查询拜访局学院调来女性捕快黛娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Ande…

在影戏FTF里出现的变种alien从一个基因手艺研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder往找阿谁alien。Scully证实出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案如今由Spender和Fowley主管。Gibson最初又不见了。

Doggett不顾世人的阻拦坚持查询拜访，他开端着手查询拜访一个环保署人员死亡的案件。

迪恩（简森·阿克斯 Jensen Ackles 饰）和萨姆（贾德·帕达里克 Jared Padalecki 饰）毕竟找到父亲约翰（杰弗瑞·迪恩·摩根 Jeffrey Dean Morgan 饰），但为了救迪恩，约翰情愿深上天狱，留下兄弟两个继续实现“猎人”职责。同时兄弟俩也体会到“黄眼恶魔”的存在，开端一起追踪这个最大仇敌。二人解决了一个又一个超天然生物，兄弟二人的性情…

穆德（David Duchovny 大卫?杜楚尼 饰）被外星起义者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲?安德森 饰）亦同时发明本人怀怀孕孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉要求Skinner（Mitch Pileggi 饰）援助寻觅同伴，孤枪侠也介进进来。FBI高层则派出捕快约翰?多格特（Robert Patrick 罗伯特?帕特立克 饰）辅佐查询拜访，但两小我的初度会晤不欢…