故事产生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严厉又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感应压力很大。于此同时，来自本国的红发转学生明日喷鼻（宫村优子 配音），割裂成三个、以姐妹的模式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的黉舍生存带来了天翻地覆的改变。此外，在原作中高大帅气的初号…