故事产生在第一部的四年今后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一位通俗的邮局局长，而J（威尔•史姑娘 饰）则继续从事MIB的事情。　　卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而昔时流亡到地球的萨塔公主萝娜曾要求MIB把 “萨塔之星”躲在地球，周全负责这件事情的K为了地球的安然，回尽了她…